Een watervergunning is een vergunning voor alle handelingen in het watersysteem.

De huidige zes vergunningstelsels op het gebied van water worden gebundeld in één watervergunning. De watervergunning wordt naar verwachting eind 2009 ingevoerd.

Voor het bevoegde gezag betekent het dat de vergunning aan álle aspecten van het waterbeheer moet worden getoetst. Er komt één overheidsloket (het omgevingsloket) waar naast de watervergunning ook de omgevingsvergunning aangevraagd kan worden. De vergunningplicht voor de Waterwet zal steeds meer worden vervangen door een meldingplicht op basis van algemene regels.

Met het wetsvoorstel 'Waterwet' worden acht bestaande wetten voor het waterbeheer in Nederland vervangen door één wet. De Waterwet regelt het beheer van oppervlaktewater en grondwater. Ook verbetert de wet de samenhang tussen waterbeleid en ruimtelijke ordening. Daarnaast wil de wet een bijdrage leveren aan vermindering van de regels, vergunningstelsels en administratieve lasten.

De Waterwet vervangt de volgende bestaande wetten:

• Wet op de waterhuishouding
• Wet op de waterkering
• Grondwaterwet
• Wet verontreiniging oppervlaktewateren
• Wet verontreiniging zeewater
• Wet droogmakerijen en indijkingen (Wet van 14 juli 1904)
• Wet beheer rijkswaterstaatswerken
• Waterstaatswet 1900

en via de (nog in te dienen) invoeringswetgeving ook de Wrakkenwet

Stand van zaken wetsvoorstel Waterwet: schriftelijke voorbereiding als voorbereiding op debat in Eerste Kamer, zie http://www.eerstekamer.nl/wetsvoorstel/30818_waterwet